Пошук філософського каменю для братів Елріків продовжується, оскільки саме за його допомогою вони мають надію повернути собі втрачені частини і фізичні форми. Неудачний алхімічний експеримент спричинив їм страждання та розлучення з їхніми первісними тілами, але не позбавив їх життя, але він створив між ними особливий зв'язок. Здається, Едвард зазнав втрат, оскільки Альфонс залишився без тіла, змушений перебувати в обладунку. З філософським каменем вони надіються виправити все це і повернутися до свого колишнього стану.
Хоча насправді цей досвід залишиться з ними назавжди, вони все одно не можуть не спробувати. У межах лабораторії №5 Едвард намагається відшукати сліди філософського каменю, але незвичайною зустріччю з певним персонажем він зустрічається саме там, де найменше б хотів. Чи принесе ця зустріч йому корисну інформацію, чи сприятиме його пошуку?
Альфонсу, який стоїть на сторожі, також доводиться пройти через випробування.